  | 5600062 | El arroyo de La Nava, desde su nacimiento hasta la presa del embalse de Becerril, y todas las aguas que afluyen a este tramo. |
| 5600069 | El Arroyo Zarzosillo, desde su nacimiento hasta su cruce con la carretera comarcal 515, en el municipio de El Cabaco. |
| 5600061 | El río Adaja, desde su nacimiento hasta su confluencia con el río Mayor y todas las aguas que afluyen a este tramo, incluido el citado río Mayor y sus afluentes. |
| 5600075 | El río Agadón desde su nacimiento hasta la desembocadura del río de las Vegas y todas las aguas que afluyen a este tramo, incluyendo las que afluyen también al río de las Vegas. |
| 5600073 | El río Águeda, desde su nacimiento hasta la desembocadura del río Riofrío y todas las aguas que afluyen a este tramo, incluyendo las que afluyen también al río Riofrío. |
| 5600028 | El río Arandilla desde su nacimiento hasta el puente de las piscinas municipales de Aranda de Duero y todas las aguas que afluyen a este tramo. |
| 5600041 | El río Arlanza, desde su nacimiento hasta el puente de Covarrubias y todas las aguas que afluyen a este tramo. |
| 5600036 | El río Arlanzón, desde su nacimiento hasta la pasarela sobre el río en el término municipal de Cardeñajimeno. |
| 5600040 | El río Ausines, desde su nacimiento hasta su desembocadura en el río Arlanzón, y todas las aguas que afluyen a este tramo. |
| 5600029 | El río Bañuelos, desde su nacimiento hasta el puente de la carretera de Hontoria a Caleruega y todas las aguas que afluyen a este tramo. |